Sekretariat dipimpin Sekretaris mempunyai tugas pokok membantu Kepala Badan dalam melaksanakan urusan organisasi,tata usaha,barang milik daerah,rumah tangga,humas,keprotokolan,kepegawaian,perencanaan,pelaporan capaian kinerja dan keuangan Badan. 

Untuk melaksanakan tugas pokok sebagaimana dimaksud diatas, Sekretaris menyelenggarakan fungsi :

1. Perumusan program,kegiatan dan kebijakan teknis pada Sekretariat ;
2. Perencanaan, pelaksanaan, pengendalian,evaluasi dan pelaporan program dan kegiatan pada Sekretariat  ;
3. Pendistribusian tugas pengelolaan organisasi, tata usaha, barang milik daerah, rumah tangga,humas, keprotokolan dan kepegawaian Badan Kepala Kasubbag umum dan kepegawaian ;
4. Pendistribusian tugas pengelolaan perencanaan dan pelaporan capaian kinerja Badan kepada Kasubbag Perencanaan dan Pelaporan ;
5. Pendistribusian tugas pengelolaan keuangan Badan kepada Kasubbag Keuangan ;
6. Pembinaan penyelenggaraan ketatausahaan pada Sekretariat;
7. Pelaksanaan koordinasi dan konsultasi dengan pihak terkait dalam hal organisasi, tata usaha, barang milik daerah, rumah tangga, humas, keprotokolan, kepegawaian, perencanaan, pelaporan capaian kinerja dan keuangan Badan ;
8. Pemberian petunjuk, bimbingan dan arahan kepada bawahan agar dalam melaksanakan tupoksinya terarah dan sesuai dengan ketentuan yang berlaku ;
9. Pembinaan, pengawasan, evaluasi dan penilaian kinerja bawahan dalam pelaksanaan tugasnya ;
10. Pemberian saran dan pertimbangan kepada atasan sesuai tugas pokok dan fungsinya ;
11. Pelaporan hasil pelaksanaan tugas baik secara lisan maupun tertulis sebagai bentuk pertanggungjawaban dan bahas evaluasi selanjutnya ; dan
12. Pelaksanaan tugas lainnya yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tupoksi dan ketentuan yang berlaku.